Гомологийн загварчлал нь загвар болон зорилтот дарааллын ижил төстэй байдал дээр тулгуурлан зорилтот уургийн гурван хэмжээст бүтцийг олж авдаг бөгөөд энэ арга нь мембраны уургийг судлахад үр дүнтэй болох нь батлагдсан. Энэ нь …-ийн талаар илүү их ойлголт өгдөг тул GPCR шиг талсжихад хэцүү байдаг.
Гомологийн загварчлал гэж юу вэ, яагаад хэрэгтэй вэ?
1.2.
Гомологийн загварчлал нь найдвартай бүтцийн загвар үүсгэх хамгийн зөв тооцооллын арга бөгөөд биологийн олон хэрэглээнд түгээмэл хэрэглэгддэг. Гомологийн загварчлал нь загвар уургийн дарааллаар дамжуулан асуулгын уургийн 3D бүтцийг урьдчилан таамагладаг.
Гомологийн загварчлалын зарчим юу вэ?
Гомологийн загварчлалыг харьцуулсан загварчлал гэж нэрлэдэг бөгөөд мэдэгдэж буй бүтэцтэй дарааллын гомологи дээр үндэслэн уургийн бүтцийг таамагладаг. Энэ нь " хэрэв хоёр уураг хангалттай өндөр дараалалтай ижил төстэй байвал тэдгээр нь маш төстэй гурван хэмжээст бүтэцтэй байх магадлалтай" гэсэн зарчим дээр суурилдаг.
Гомологийн загварчлал юугаараа сайн байдаг вэ?
Хэрэв бид "маш амжилттай ижил төстэй загвар"-ыг эмпирик бүтцээс <=2 Å rmsd гэж тодорхойлох юм бол загвар нь амжилтанд хүрэх зорилттой >=60% дарааллын ижил утгатай байх ёстой. хувь >70% Өндөр дарааллаар (60%-95%) ч гэсэн арав дахь ижил төстэй загвар тутмын нэг нь rmsd >5 Å vs. байна.
Гомологийн загварчлалын талаар дараах зүйлсийн аль нь үнэн бэ?
Тайлбар: Нэрнээс нь харахад гомологийн загварчлал нь мэдэгдэж байгаа бүтэцтэй дарааллын ижил төстэй байдал дээр тулгуурлан уургийн бүтцийг урьдчилан таамагладаг Гомологийн загварчлал нь загвар уурагтай уялдуулах үндсэн дээр бүх атомын загварыг гаргадаг.… Дараах загварчлалын алхмуудад зэрэгцүүлэх алхамд гарсан алдааг засах боломжгүй.
