Конформацийн энтропи алдагдах нь уургийн нугалах термодинамик дахь томоохон хувь нэмэр юм Гэсэн хэдий ч хэмжээг нарийн тодорхойлоход бэрхшээлтэй байдаг. Бид энэ алдагдлыг уугуул уураг болон бодит денатурат төрийн чуулгын молекул динамик симуляцийг ашиглан тооцдог.
Конформацийн энтропи уураг гэж юу вэ?
Конформацийн энтропи нь молекулын конформацийн тоотой холбоотой энтропи юм. … Уургийн хувьд үндсэн хоёр талт өнцөг болон хажуугийн гинжин хэлхээг параметр болгон ашигладаг бөгөөд РНХ-д үндсэн хосын загварыг ашиглаж болно.
Эвхмэл уураг эсвэл задарсан уургийн аль нь конформацийн энтропи ихтэй вэ?
Полипептидийн гинжин хэлхээний конформацийн энтропи нь эвхээгүй төлөвийн хувьд илүү хязгаарлагдмал конформацийн орон зайгаар тодорхойлогддог илүү нягт атираат төлөвтэй харьцуулахад илүү их байна. Тиймээс энэ хувь нэмэр задарсан төлөвийг тогтворжуулдаг (ΔSconf > 0).
Уургийн хэлбэрийг юу тодорхойлдог ба уураг нугалахад ямар асуудал гардаг вэ?
Уургийн анхдагч бүтэц, амин хүчлийн шугаман дараалал нь түүний төрөлх хэлбэрийг тодорхойлдог. Тодорхой амин хүчлийн үлдэгдэл ба тэдгээрийн полипептидийн гинжин хэлхээн дэх байрлал нь уургийн хэсгүүд хоорондоо нягт нугалж, гурван хэмжээст хэлбэрийг бүрдүүлэх хүчин зүйл болдог.
Уургийн нугалахад ямар хүчин зүйл нөлөөлдөг вэ?
Уураг нугалах нь маш мэдрэмтгий процесс бөгөөд цахилгаан болон соронзон орон, температур, рН, химийн бодис, орон зайн хязгаарлалт, молекулын бөөгнөрөл зэрэг гадны хүчин зүйлс нөлөөлдөг. Эдгээр хүчин зүйлс нь уургийн зөв функциональ хэлбэрт шилжих чадварт нөлөөлдөг.
